Klordioksit uygulaması sonucu toprağın ve bitkinin biyolojik dengesi korunurken, aynı zamanda biriken biyofilm tabakası, mantar, virüs gibi mahsule zarar verecek mikroorganizmaların oluşmasını engellenerek, hastalıkların da büyük ölçüde önüne geçilmektedir. Böylelikle toprağın verimi artar ve ek kimyasal kullanımı minimize edilir.
Klordioksit, hayvancılıkta en etkin dezenfektan olarak nitelendirilir. Hayvan yetiştirme alanlarında ve kesimhanelerde uygulanması sonucu ortamda yaşayan patojenlerin etkileri en aza indirilerek, bulaşıcı hastalıkların ortaya çıkması ve yayılması önlenir.
Şarbon, brusella vb. zoonoza karşı etkinliği kanıtlanmış olan klordioksit, deli dana hastalığının da kısmen önüne geçebilen tek dezenfektandır.