Günümüzde suyun dezenfeksiyonu için yaygın olarak klor tercih edilmektedir, ancak oluşturduğu kanserojen yan ürünler ve etkisiz hale getiremediği Giardia ve Cryptosporadium protozaları gibi salgın hastalık oluşturabilecek bazı patojenler üzerinde yeterli etki gösterememesi göz önünde bulundurulduğunda Klor yerini alternatiflerine bırakmaktadır. Klora karşı kullanılabilecek en iyi alternatif klordioksit olarak gösterilebilir.
Kullanımı 20 yıl öncesine dayanan klordioksit, suyun geçtiği borular ve membranlarda mikrobiyolojik kalıntı sebebiyle oluşan biyofilm tabakasını yok etmekle kalmaz, oluşumunu da engeller.
Toksik içerikli olmadığından, su dolum ve şişeleme tesislerinde, damacana ve pet şişelerin temizliğinde de kullanılır.